С сентября 1990 года Алексей Овчинин прошел обучение в Ейском высшем военно-авиационном училище лётчиков имени В. М. Комарова, по окончании которого получил квалификацию «лётчик-инженер» и воинское звание лейтенант.

До 2003 года Алексей Николаевич служил лётчиком-инструктором в Ейском ВВАУЛ.

За мужество и героизм, проявленные в ходе космического полёта на Международной космической станции, Алексею Овчинину было присвоено звание Героя Российской Федерации.